配列名:WHU-updated v1
ゲノム配列名 | WHU-updated v1 | 系統名 | cv. Shixiya1, SXY1 |
配列数 | 1,269 | 染色体数 | 2n = 4x = 52 |
配列長 (bp) | 1,636,985,834 | N50長 (bp) | 118,841,821 |
遺伝子の数 | 43,278 | 遺伝子数由来ファイル | Garboreum_Shixiya1_WHUv3.0rc.gene.pep.standard.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 43,278 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | Illumina, PacBio, Hi-C | 取得した配列量 | 177x |
アセンブリ方法 | Falcon v.0.4, Polish, Pilon v.1.20, Pbjelly, Quiver | 推定ゲノムサイズ (Mb) | NA |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Yu-Xian Zhu (Peking University), Shuxun Yu (nstitute of Cotton Research of the Chinese Academy of Agricultural Sciences), Jun Wang (BGI-Shenzhen). | データソース名 | COTTON GEN |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41588-020-0607-4 | データソースURL | https://www.cottongen.org/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:99.0%[S:92.4%,D:6.6%],F:0.4%,M:0.6%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:98.2%[S:91.2%,D:7.0%],F:0.7%,M:1.1%,n:1614 |