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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Gossypium arboreum , Asian cotton , ワタ (arboreum種), キダチワタ

Gossypium arboreum

Genome Assembly ID:t29729.G002

配列名:WHU-updated v1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 WHU-updated v1 系統名 cv. Shixiya1, SXY1
配列数 1,269 染色体数 2n = 4x = 52
配列長 (bp) 1,636,985,834 N50長 (bp) 118,841,821
遺伝子の数 43,278 遺伝子数由来ファイル Garboreum_Shixiya1_WHUv3.0rc.gene.pep.standard.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 43,278 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio, Hi-C 取得した配列量 177x
アセンブリ方法 Falcon v.0.4, Polish, Pilon v.1.20, Pbjelly, Quiver 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Yu-Xian Zhu (Peking University), Shuxun Yu (nstitute of Cotton Research of the Chinese Academy of Agricultural Sciences), Jun Wang (BGI-Shenzhen). データソース名 COTTON GEN
論文 (DOIコード) 10.1038/s41588-020-0607-4 データソースURL https://www.cottongen.org/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.0%[S:92.4%,D:6.6%],F:0.4%,M:0.6%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:98.2%[S:91.2%,D:7.0%],F:0.7%,M:1.1%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
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fasta
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