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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Dioscorea cayenensis subsp. rotundata , Guinea yam (ssp. rotundata) , ギニアヤム (rotundata変種)

Dioscorea cayenensis

Genome Assembly ID:t29710.G001

配列名:TDr96_F1_Pseudo_Chromosome_v1.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 TDr96_F1_Pseudo_Chromosome_v1.0 系統名 subsp. rotundata, cv. TDr96_F1
配列数 21 染色体数 2n = 2x = 40
配列長 (bp) 456,674,974 N50長 (bp) 25,272,979
遺伝子の数 19,023 遺伝子数由来ファイル Dioscorea_rotundata.TDr96_F1_Pseudo_Chromosome_v1.0.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 19,023 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 100x
アセンブリ方法 Allpaths-LG v. r49856, SSPACE Premium v. 2.3 推定ゲノムサイズ (Mb) 580
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Synonym: Dioscorea rotundata
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Hiroko Takagi (Japan International Research Center for Agricultural Sciences), Robert Asiedu (International Institute of Tropical Agriculture), Ryohei Terauchi (Iwate Biotechnology Research Center) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1186/s12915-017-0419-x データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン BUSCO データセット
BUSCO ゲノム BUSCO 遺伝子 (pep/cds)

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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