Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum pennellii , Wild tomato (pennellii) , トマト野生種 (pennellii種)

Solanum pennellii

Genome Assembly ID:t28526.G001

配列名:SPENNV200

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 SPENNV200 系統名 LA0716
配列数 13 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 989,528,177 N50長 (bp) 77,991,103
遺伝子の数 48,923 遺伝子数由来ファイル Spenn-v2-aa-annot.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 48,923 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 NA 取得した配列量 210x
アセンブリ方法 NA 推定ゲノムサイズ (Mb) 1,200
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Bjorn Usadel (Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology) データソース名 Sol Genomics Network
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.3046 データソースURL https://solgenomics.net/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.7%[S:97.6%,D:1.1%],F:0.5%,M:0.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:97.4%[S:87.0%,D:10.4%],F:1.7%,M:0.9%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット