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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Pogostemon cablin , Patchouli , パチョリ

Pogostemon cablin

Genome Assembly ID:t28511.G002

配列名:GWHBAZF00000000

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 GWHBAZF00000000 系統名 NA
配列数 988 染色体数 2n = 4x = 64
配列長 (bp) 1,941,516,370 N50長 (bp) 30,325,545
遺伝子の数 132,408 遺伝子数由来ファイル GWHBAZF00000000.Protein.faa.gz
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 132,408 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio Sequel II, Oxford Nanopore, Illumina (NovaSeq) 取得した配列量 160x (PacBio), 135x (Hi-C), 60x (Illumina)
アセンブリ方法 Canu v2.0, smrtlink v8.0, 3D-DNA, Juicebox v1.11.08 推定ゲノムサイズ (Mb) 1,040
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Hong-bin Wang (Guangzhou University of Chinese Medicine) データソース名 Genome Warehouse
論文 (DOIコード) 10.1038/s41467-022-31121-w データソースURL https://bigd.big.ac.cn/gwh/
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.2%[S:1.4%,D:97.8%],F:0.3%,M:0.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.2%[S:1.4%,D:97.8%],F:0.1%,M:0.7%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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