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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Citrus sinensis , Orange , オレンジ

Citrus sinensis

Genome Assembly ID:t2711.G001

配列名:C.sinensis_v2.0_HZAU_csi

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 C.sinensis_v2.0_HZAU_csi 系統名 cv. Valencia
配列数 10 染色体数 2n = 2x = 18
配列長 (bp) 327,944,670 N50長 (bp) 30,837,053
遺伝子の数 44,275 遺伝子数由来ファイル csi.peptide.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 44,275 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 214x
アセンブリ方法 SOAPdenovo v. 2011-04 推定ゲノムサイズ (Mb) 367
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Xiu-Xin Deng (Huazhong Agricultural University), Yijun Ruan (ditto) データソース名 Citrus Pan-genome to Breeding Database (CPBD)
論文 (DOIコード) 10.1038/ng.2472 データソースURL http://citrus.hzau.edu.cn/index.php
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.3%[S:97.2%,D:1.1%],F:1.1%,M:0.6%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:95.6%[S:61.6%,D:34.0%],F:2.8%,M:1.6%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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