配列名:HMA_r1.2_1
ゲノム配列名 | HMA_r1.2_1 | 系統名 | Aogashima |
配列数 | 3,780 | 染色体数 | 2n = 2x = 36 |
配列長 (bp) | 2,227,567,818 | N50長 (bp) | 1,440,438 |
遺伝子の数 | 32,222 | 遺伝子数由来ファイル | HMA_r1.2_1.protein.fasta |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 32,222 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBio and Illumina | 取得した配列量 | 49x |
アセンブリ方法 | FALCON_Unzip and FALCON_Phase | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 2,164 |
シーケンシングの方法のコメント | HiC data by Illumina | コメント | Haplotype phase 1 |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Nashima K (Nihon University) | データソース名 | Plant GARDEN |
論文 (DOIコード) | 10.1101/2020.06.14.151431 | データソースURL | https://plantgarden.jp/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:63.1%[S:60.0%,D:3.1%],F:2.4%,M:34.5%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:78.5%[S:74.7%,D:3.8%],F:10.2%,M:11.3%,n:1614 |