配列名:Opu_r1.4
ゲノム配列名 | Opu_r1.4 | 系統名 | NA |
配列数 | 13 | 染色体数 | 2n = 2x = 22 |
配列長 (bp) | 440,319,191 | N50長 (bp) | 40,565,736 |
遺伝子の数 | 32,389 | 遺伝子数由来ファイル | Opu_r1.4_pep.fa |
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 | 32,389 | Hayai-Annotation バージョン | zen_v2.0 |
シーケンシングの方法 | PacBio, Illumina, Bionano, Hi-C | 取得した配列量 | NA |
アセンブリ方法 | Canu v.1.7, Falcon-unzip v.1.3 | 推定ゲノムサイズ (Mb) | 420 |
シーケンシングの方法のコメント | NA | コメント | NA |
論文クレジット情報 | 準備中 | データ/DB クレジット情報 | 準備中 |
責任著者 | Amit Rai (Chiba University), Mami Yamazaki (ditto) | データソース名 | Ophiorrhiza pumila Genome DataBase |
論文 (DOIコード) | 10.1038/s41467-020-20508-2 | データソースURL | http://pumila.kazusa.or.jp/ |
BUSCO バージョン | 5.1.0 | BUSCO データセット | embryophyta_odb10 |
BUSCO ゲノム | C:98.0%[S:95.5%,D:2.5%],F:0.8%,M:1.2%,n:1614 | BUSCO 遺伝子 (pep/cds) | C:89.2%[S:86.6%,D:2.6%],F:3.7%,M:7.1%,n:1614 |