Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Vigna radiata var. radiata , Mungbean (var. radiata) , リョクトウ, ヤエナリ (radiata変種)

Vigna radiata

Genome Assembly ID:t157791.G001

配列名:Vradiata_ver6

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Vradiata_ver6 系統名 var. radiata, line VC1973A
配列数 2,497 染色体数 2n = 2x = 22
配列長 (bp) 463,085,359 N50長 (bp) 25,360,630
遺伝子の数 23,181 遺伝子数由来ファイル Vigna_radiata.Vradiata_ver6.pep.all.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 23,181 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina 取得した配列量 300.0x
アセンブリ方法 Allpath-LG v. 42179 推定ゲノムサイズ (Mb) 548
シーケンシングの方法のコメント NA コメント The line VC1973A which was developed at the AVRDC-The World Vegetable Center in 1982.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Rajeev K. Varshney (International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics), Suk-Ha Lee (Seoul National University) データソース名 Ensembl
論文 (DOIコード) 10.1038/ncomms6443 データソースURL http://plants.ensembl.org/index.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.2%[S:95.4%,D:2.8%],F:1.0%,M:0.8%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:82.5%[S:77.3%,D:5.2%],F:10.7%,M:6.8%,n:1614

遺伝子をさがす

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット