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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Coffea arabica , Arabica coffee , コーヒー アラビカ種

Coffea arabica

Genome Assembly ID:t13443.G001

配列名:Cara_1.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Cara_1.0 系統名 cv. Caturra red, isolate CCC135-36
配列数 2,833 染色体数 2n = 4x = 44
配列長 (bp) 1,094,446,607 N50長 (bp) 42,465,768
遺伝子の数 67,222 遺伝子数由来ファイル GCF_003713225.1_Cara_1.0_protein.faa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 67,222 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Illumina, PacBio, 10X 取得した配列量 160.0x
アセンブリ方法 MaSuRCA v. 3.2.4; FALCON-Unzip v. 0.9 推定ゲノムサイズ (Mb) 1,300
シーケンシングの方法のコメント NA コメント cv. Caturra red, isolate CCC135-36
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 NA データソース名 NCBI
論文 (DOIコード) Direct submission データソースURL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.4%[S:37.2%,D:60.2%],F:0.9%,M:1.7%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:98.2%[S:18.0%,D:80.2%],F:0.6%,M:1.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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