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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Saccharum hybrid cultivar , Sugarcane , サトウキビ栽培種

Saccharum hybrid cultivar

Genome Assembly ID:t128810.G007

配列名:SosHAh1v1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 SosHAh1v1 系統名 Haruno-Ougi
配列数 865 染色体数 2n = 10X = 96
配列長 (bp) 4,815,303,113 N50長 (bp) 83,150,438
遺伝子の数 239,594 遺伝子数由来ファイル SosHAh1v1.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio Hifi, Omni-C 取得した配列量 27X
アセンブリ方法 Hifiasm, YaHS 推定ゲノムサイズ (Mb) 10,000
シーケンシングの方法のコメント コメント Hap1
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Sachiko Isobe (Kazusa DNA Res Inst, University of Tokyo) データソース名 Plant GARDEN
論文 (DOIコード) in preparation データソースURL https://plantgarden.jp/
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.6%[S:0.7%,D:98.9%],F:0.1%,M:0.2%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.4%[S:1.5%,D:97.8%],F:0.3%,M:0.3%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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