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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Saccharum hybrid cultivar , Sugarcane , サトウキビ栽培種

Saccharum hybrid cultivar

Genome Assembly ID:t128810.G006

配列名:SosHApv1

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 SosHApv1 系統名 Haruno-Ougi
配列数 869 染色体数 2n = 10X = 96
配列長 (bp) 6,440,283,799 N50長 (bp) 88,834,866
遺伝子の数 321,103 遺伝子数由来ファイル SosHApv1.pep.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio Hifi, Omni-C 取得した配列量 27X
アセンブリ方法 Hifiasm, YaHS 推定ゲノムサイズ (Mb) 10,000
シーケンシングの方法のコメント コメント Primary
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Sachiko Isobe (Kazusa DNA Res Inst, University of Tokyo) データソース名 Plant GARDEN
論文 (DOIコード) in preparation データソースURL https://plantgarden.jp/
BUSCO バージョン 5.8.2 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:99.6%[S:0.4%,D:99.3%],F:0.1%,M:0.2%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:99.6%[S:1.1%,D:98.5%],F:0.1%,M:0.3%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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