Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Streptocarpus rexii , Cape primrose , ストレプトカーパス

Streptocarpus rexii

Genome Assembly ID:t121488.G001

配列名:Srexii.v1.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Srexii.v1.0 系統名 KJong-Faraway [RBGE20180766-19870333]
配列数 5,855 染色体数 2n = 2x = 32
配列長 (bp) 766,640,919 N50長 (bp) 3,713,391
遺伝子の数 44,947 遺伝子数由来ファイル PG_Sr_cds_nuc.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 Oxford Nanopore Technologies, PromethION 取得した配列量 170x
アセンブリ方法 Canu v.1.8, Racon v.1.4.11, Medaka v.0.11.5 推定ゲノムサイズ (Mb) 929
シーケンシングの方法のコメント NA コメント Reference of estimated genome size (Moeller, 2018 South African Journal of Botany 114:323-344)
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Kanae Nishii (Kanagawa University / Royal Botanic Garden Edinburgh) データソース名 Plant GARDEN
論文 (DOIコード) 10.1002/pld3.388 データソースURL https://plantgarden.jp/
BUSCO バージョン 4.0.2 BUSCO データセット viridiplantae_obo10
BUSCO ゲノム C:99.0%[S:82.1%,D:16.9%],F:0.7%,M:0.3%,n:425 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:89.6%[S:77.4%,D:12.2%],F:8.9%,M:1.5%,n:425

遺伝子をさがす

遺伝子データは登録されていません。

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット