Plant GARDEN 使い方 ▶︎

JA

EN

アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Oropetium thomaeum , St Thomas Mount rockgrass , Oropetium thomaeum

Oropetium thomaeum

Genome Assembly ID:t1148796.G001

配列名:Othomaeum_386_v1.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 Othomaeum_386_v1.0 系統名 NA
配列数 625 染色体数 2n = 2x = 18
配列長 (bp) 243,174,629 N50長 (bp) 2,386,382
遺伝子の数 28,437 遺伝子数由来ファイル Othomaeum_386_v1.0.protein_primaryTranscriptOnly.fa
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 0 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio RS II 取得した配列量 72x
アセンブリ方法 Celera 推定ゲノムサイズ (Mb) 250
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Robert Van Buren (Daniel Danforth Plant Science Center) データソース名 Phytozome
論文 (DOIコード) 10.1038/nature15714 データソースURL https://phytozome-next.jgi.doe.gov/info/Othomaeum_v1_0
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.0%[S:94.0%,D:4.0%],F:0.7%,M:1.3%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:71.6%[S:69.3%,D:2.3%],F:13.9%,M:14.5%,n:1614

遺伝子をさがす

遺伝子データは登録されていません。

ゲノム配列を切り出す

染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
フォーマット