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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Solanum lycopersicum , Tomato , トマト

Solanum lycopersicum

Genome Assembly ID:t4081.G002

配列名:SL4.0

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 SL4.0 系統名 cv. Heinz 1706
配列数 13 染色体数 2n = 2x = 24
配列長 (bp) 782,520,033 N50長 (bp) 65,269,487
遺伝子の数 34,075 遺伝子数由来ファイル ITAG4.0_proteins.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 34,075 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 PacBio, Illumina, Hi-C 取得した配列量 80x
アセンブリ方法 Canu v1.5, Hi-C scaffolding, BioNano, 10X linked-read sequences 推定ゲノムサイズ (Mb) 950
シーケンシングの方法のコメント NA コメント NA
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Surya Saha (Boyce Thompson Institute) データソース名 Sol Genomics Network
論文 (DOIコード) 10.1101/767764 データソースURL https://solgenomics.net/
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:98.6%[S:98.0%,D:0.6%],F:0.5%,M:0.9%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:91.5%[S:90.4%,D:1.1%],F:5.3%,M:3.2%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
開始位置
終了位置
相補鎖を出力する
fasta
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