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アセンブル , シーケンス , Assemble , Sequence , Hevea brasiliensis , Rubber tree , パラゴムノキ

Hevea brasiliensis

Genome Assembly ID:t3981.G002

配列名:hevea

ゲノム配列の詳細

ゲノム配列名 hevea 系統名 RRIM 600
配列数 189,316 染色体数 2n = 2x = 36
配列長 (bp) 1,550,675,561 N50長 (bp) 67,241
遺伝子の数 84,443 遺伝子数由来ファイル hevea_amino.fasta
Hayai-annotationにより注釈づけされた遺伝子数 84,443 Hayai-Annotation バージョン zen_v2.0
シーケンシングの方法 illumina, PacBio 取得した配列量 155 x
アセンブリ方法 Platanus v. 1.2.1, PBJelly v. 14.9.9 推定ゲノムサイズ (Mb) NA
シーケンシングの方法のコメント NA コメント RRIM 600, a secondary clone originally developed from clones Tijr 1 and PB 86, is the most widely planted in Malaysia and Thailand.
論文クレジット情報 準備中 データ/DB クレジット情報 準備中
責任著者 Alexander Chong Shu-Chien (Universiti Sains Malaysia), Minami Matsui (RIKEN Center for Sustainable Resource Science) データソース名 Rubber Genome & Transcriptome Database
論文 (DOIコード) 10.1038/srep28594 データソースURL http://rubber.riken.jp/rubber/home.html
BUSCO バージョン 5.1.0 BUSCO データセット embryophyta_odb10
BUSCO ゲノム C:97.2%[S:84.1%,D:13.1%],F:1.3%,M:1.5%,n:1614 BUSCO 遺伝子 (pep/cds) C:89.8%[S:78.6%,D:11.2%],F:6.6%,M:3.6%,n:1614

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染色体 /
Scaffolds
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fasta
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