Gene sequences

How To ▶︎

JA

EN

TOP > About the Species(Solanum lycopersicum ) > genome data >Gene sequences

Search

By Traits

Let’s Analyze!!

SNP Detection
(lang=JA only)

Other Tools

Data List

All

Trait-Related Loci

Solanum lycopersicum

CDS Sequence

CDS ID	Solyc05g054630.3.1
CDS Infomation	Elongator complex protein 1 (AHRD V3.3 *** K4C2E0_SOLLC)
Sequence	ATGAAGAATCTGAAGATATTGAAGGAGCAATTCTCAAAGATTCAGTTACAGTCCGAAGAT GAAGTTATCAGCTTTGCAGCATTTGACGTTGAACGCAATCGTCTCTTCTTAGCTTCATCT TCAAACTTCATATACACTTTATCTCTTCCATCATCTAATAAAAATTATTCTCTGATTATC TTGGTGTTATGGCAGAATGCAGGAGGTTGGAATTCCATATCAGATAACCTTGTTGATTTG GAGCCCGGGGATTTCATTACTTCCATGGATTATTTAATGGAAAAAGAAGCGTTGATTATT GGGACTTCGTATGGTCTTCTATTGCTATACACTGCAGATGATAATACGACAGAAATTGTT GGCCGATTGGAGGGTGGAGTAAAGTGTATCTCACCTAGTCCAGATGGAGATCTTCTTGGT GTAATTACTGGTTTTGGACAGATACTAGTGATGACACCCGACTGGGATGTTTTATACGAG ATGGCTCTTGATGATCTACCTGAAGATATTGACGTACATGAACATACATACTCTTCTAAT TATTCATCGGAAAGCCCTATTTCATGGCGAGGTGATGGCAAATACTTCGCAACGTTAAGC AGGGTGAATAATTCTCAGACCTTGCATAAAAAGCTAAAAATCTGGGAACGGGACTCAGGG GCACTCCATTCTGTTTCAGAATCAAATTCTTTCATGGGATCAACTTTGGATTGGATGCCC AGTGGAGCCAAAATTGCTGCAGTTTATGACCGGAAGGAAGATAGAAAATGCCCATCTATA GTTTTCTTTGAGAGGAATGGATTAGAAAGAAGCTCATTTTGCCTCAACGTAGAAATTGAT GCTACTATAGAGCTTGTGAAGTGGAATTGTAACTCGGACCTTCTAGCTGCTGTGGTCAGA GGGGAAAAGTATGACTCTCTGAAGATCTGGTTCTTAAGTAACAACCACTGGTACTTAAAA CAAGAAATCAGATACATGAAGGATGACAGAGTCAGATTCATGTGGGATCCGATAAAGCCT CTACAGTTGGTTACTTGGACTACAAGTGGGCATATCACGGGCTATAACTTTGTATGGAAT ACAGCTGTCATGAATAACTCAGTGGCACTTGTAATTGATGACTCCAAGATACTAATAACC CCTCTTTCTTTATCTCTCATCCCACCACCTATGTACCTCTTTTGTTTGAATTTTCCCTCT GCCATTCAGAGTATGGCATTTTGCTCTAGAAGTTCTTTGAATCACCTGGCTGCATCCTTG TCAGATGGCAGATTGTGTGTTGTAGAGCTTCCTGCAATTGATTGTTGGGAGGAGCTAGAA GGTAAAGAGTTTGATGTTGATGCTGCCTCTTTTGATTCAGGCTATAATTCTTTCATTCAC CTTGCATGGTTGGATTCACACAAGCTTCTTGGTGTTAGCCATTATCTAGTTAGCAACTCA GCAATAAAAGAGTCCTCTAAGGATAAGCTTTCTATGTATTGCCTCCAAGAAATTGATCTT ATGTGTTCTGAAGATCGTCTTCCTAATTCAGTGACATGCTCTGGTTGGCAAGCTAAAGGT TTGAATAGATTGTCTCTTGAAGGTACCGTAATTGGTATAGCTCCTAACCAGGGAAATGGC TGCTCAGCATATGTTCAGTTTGATGGCGGGGAAGTGTTTGAGTATGCGTTGAAGTTGGCT GATGCCAGAGGGCTTCATCAGAAACGTGAGGATATGAGTTTTTCTTCATCTTGCCCCTGG ATGGATCTTGTGCAAATTGGAGGCTGCTTACCTCAAAAGGCTTTGCTTTTTGGTCTTGAT GACAGTGGTAGATTGCTTGTTGGTGAAAGGACATTGTGCAACAATTGCAGCAGTTTTTCT TTCTACTCGAATTCTGCTGACCACTCTGTCACCCATTTGATTCTTTCAACTAAGCAGGAT TTGCTGTTTATTGTCGATATTAGTGATATCCTGAAAGGAGAACTGGAGGTTAAGTATGGG AACTTCCTGGCAGTTTTCAAGCACAGAAAAGGAGAAGATGAGAGAAACTATATTCAAATA TGGGAAAGAGGTGCCAGAATCATAGGTGTTTTGCATGGGGACGAGTCTGCTATCATACTT CAAACAGTTCGAGGGAATCTTGAGTGCGTCTACCCCAGAAAATTGGTTCTAGCCTCAATA ATTAATGCTTTGATTCAAGGGCGTTACAAAGATGCATTACTCATGGTAAGAAGGCAAAGA ATTGATTTCAATGTTATTATTGACCATTGTGGTTGGCAAAACTTTGTTCAGTCAGCTGCT GAGTTTGTGAAGCAAGTGAACAATTTAAGTTATATAACTGAATTTGTCTGTTCAATAAAG AATGAAAATATCATGAAGACACTGTACAAAAACTATATATCCCTACCTCATGACATTGAG GCTAAAGCTGTAGATGGAGACCTTAAGAGTTCTCATAGCAATAGCAAGATCCACTCTGTC TTGCTGGCCATAAGGAAGGCTCTTGAGGAGCATGTAACTGAAAGTCCTGCAAGGGAACTT TGCATTCTGACCACTTTAGCTCGAAGTGACCCTCCAGCTCTTGAACAAGCTTTAGAGAGA ATAAAAATAATCCGAGAAAGGGAATTATCAGGTTCAGGTGAACTGAGAAGGGAACTCTAC CCTTCTGCCGAGGAAGCTTTAAAACATCTTTTGTGGTTGTCTGATACAGAGGCAGTTTTT GAAGCTGCATTAGGTCTTTATGATTTGAACCTTGCAGCTATCGTCGCCTTGAATTCACAA AAGGACCCGAAAGAATTTCTTCCCTATCTGCAAGAACTCGAGAACATGCCAATAGTATTA ATGCGATACAATATAGACCTGAAATTGCAGAGGTTTGAGGCTGCGCTTCAGCACATTGTT TCTGCAGGAGATGCTTACTTTGAAGATTCTATGATTCTCATGAAGAAAAATCCCCAGCTT TTCCCCTCGGGACTCCAATTGATCACTGACTCTGTCAAGAGAAACCAGGTACTTGAGGCC TGGGGAGATCATTTTAGTTCCACAAAATGCTTTGAGGATGCTGCTGCAACATATATGTGC TGTTCTTGTTTGGATAAAGCTTTGAAGGCTTATCGTGAGTGTGGTAATTGGGGTGGGGTT CTGACAGTAGCTGGTCTCATTAAACTAGGGAAGGAGGAAGTCTTGCAACTAGCACAGGAG CTTTGTGATGAACTCCAAGCACTTGGTAAACCAGGGGATGCTGCAAAAATAGCTTTGGAG TATTGCGCAGATGTTAACGCTGGTATTAATTTCTTGGTCAGTGCAAGGGAATGGGAAGAA GCTTTGAGAACTGCATTTCTTTACAGGAGAGACGATCTGGTCCTTGAAGTAAAGACTGCA TCACTTGAGTGTGCCAGCTCACTGGTTAGTGAATATGAGGAAGGGCTAGAGAAAGTGGGG AAGTACTTGACTCGATATTTAGGTGTTCGACAACGGAGATTATTACTTGCTGCAAAGCTA CAGTCAGATGAGCGATCAATAAATGAACTTGATGATGATACTGCTTCTGAAACTAGTAGC AATTTCAGTGGAATGAGTGCATATACATTGGGGACAAGAAAGGGATCAGCTGCATCAATA AACTCCAGAGCTAGTACAAAAGCAAGAGACATGAGACGTCAACGGAATAGAGGGAAAATA CGTGCTGGAAGTCCCGGTGAGGAGATGGGTTTGGTAGAGCATTTAAAGGGGATGTCACTG ACTAGTGGAGCTAAACGTGAGCTTAAATCTCTCTTGATATGCCTTGTGATGCTGCAAAAG GAAGATATTGCCAGGAAGTTGCAACATGTTGCTACAAATTTTCAACTGTCCCAAATGGCA GCTGTAAAATTAGCTGATGAGGCCATATCAGATGATATAGTTAATGAGCATTTCTATGTT CTGGATAATTACATTCCCAAAATAAAGGAAGATATGCAGCATTCAGAGCTTTTCTCCTGG CAGTCGAAAGTATTGATTTGA

Peptide Sequence

PEP ID	Solyc05g054630.3.1
PEP Infomation	Elongator complex protein 1 (AHRD V3.3 *** K4C2E0_SOLLC)
Sequence	MKNLKILKEQFSKIQLQSEDEVISFAAFDVERNRLFLASSSNFIYTLSLPSSNKNYSLII LVLWQNAGGWNSISDNLVDLEPGDFITSMDYLMEKEALIIGTSYGLLLLYTADDNTTEIV GRLEGGVKCISPSPDGDLLGVITGFGQILVMTPDWDVLYEMALDDLPEDIDVHEHTYSSN YSSESPISWRGDGKYFATLSRVNNSQTLHKKLKIWERDSGALHSVSESNSFMGSTLDWMP SGAKIAAVYDRKEDRKCPSIVFFERNGLERSSFCLNVEIDATIELVKWNCNSDLLAAVVR GEKYDSLKIWFLSNNHWYLKQEIRYMKDDRVRFMWDPIKPLQLVTWTTSGHITGYNFVWN TAVMNNSVALVIDDSKILITPLSLSLIPPPMYLFCLNFPSAIQSMAFCSRSSLNHLAASL SDGRLCVVELPAIDCWEELEGKEFDVDAASFDSGYNSFIHLAWLDSHKLLGVSHYLVSNS AIKESSKDKLSMYCLQEIDLMCSEDRLPNSVTCSGWQAKGLNRLSLEGTVIGIAPNQGNG CSAYVQFDGGEVFEYALKLADARGLHQKREDMSFSSSCPWMDLVQIGGCLPQKALLFGLD DSGRLLVGERTLCNNCSSFSFYSNSADHSVTHLILSTKQDLLFIVDISDILKGELEVKYG NFLAVFKHRKGEDERNYIQIWERGARIIGVLHGDESAIILQTVRGNLECVYPRKLVLASI INALIQGRYKDALLMVRRQRIDFNVIIDHCGWQNFVQSAAEFVKQVNNLSYITEFVCSIK NENIMKTLYKNYISLPHDIEAKAVDGDLKSSHSNSKIHSVLLAIRKALEEHVTESPAREL CILTTLARSDPPALEQALERIKIIRERELSGSGELRRELYPSAEEALKHLLWLSDTEAVF EAALGLYDLNLAAIVALNSQKDPKEFLPYLQELENMPIVLMRYNIDLKLQRFEAALQHIV SAGDAYFEDSMILMKKNPQLFPSGLQLITDSVKRNQVLEAWGDHFSSTKCFEDAAATYMC CSCLDKALKAYRECGNWGGVLTVAGLIKLGKEEVLQLAQELCDELQALGKPGDAAKIALE YCADVNAGINFLVSAREWEEALRTAFLYRRDDLVLEVKTASLECASSLVSEYEEGLEKVG KYLTRYLGVRQRRLLLAAKLQSDERSINELDDDTASETSSNFSGMSAYTLGTRKGSAASI NSRASTKARDMRRQRNRGKIRAGSPGEEMGLVEHLKGMSLTSGAKRELKSLLICLVMLQK EDIARKLQHVATNFQLSQMAAVKLADEAISDDIVNEHFYVLDNYIPKIKEDMQHSELFSW QSKVLI*

Transcript Sequence

Transcript ID	Solyc05g054630.3.1
Transcript Infomation	Elongator complex protein 1 (AHRD V3.3 *** K4C2E0_SOLLC)
Sequence	ATGAAGAATCTGAAGATATTGAAGGAGCAATTCTCAAAGATTCAGTTACAGTCCGAAGAT GAAGTTATCAGCTTTGCAGCATTTGACGTTGAACGCAATCGTCTCTTCTTAGCTTCATCT TCAAACTTCATATACACTTTATCTCTTCCATCATCTAATAAAAATTATTCTCTGATTATC TTGGTGTTATGGCAGAATGCAGGAGGTTGGAATTCCATATCAGATAACCTTGTTGATTTG GAGCCCGGGGATTTCATTACTTCCATGGATTATTTAATGGAAAAAGAAGCGTTGATTATT GGGACTTCGTATGGTCTTCTATTGCTATACACTGCAGATGATAATACGACAGAAATTGTT GGCCGATTGGAGGGTGGAGTAAAGTGTATCTCACCTAGTCCAGATGGAGATCTTCTTGGT GTAATTACTGGTTTTGGACAGATACTAGTGATGACACCCGACTGGGATGTTTTATACGAG ATGGCTCTTGATGATCTACCTGAAGATATTGACGTACATGAACATACATACTCTTCTAAT TATTCATCGGAAAGCCCTATTTCATGGCGAGGTGATGGCAAATACTTCGCAACGTTAAGC AGGGTGAATAATTCTCAGACCTTGCATAAAAAGCTAAAAATCTGGGAACGGGACTCAGGG GCACTCCATTCTGTTTCAGAATCAAATTCTTTCATGGGATCAACTTTGGATTGGATGCCC AGTGGAGCCAAAATTGCTGCAGTTTATGACCGGAAGGAAGATAGAAAATGCCCATCTATA GTTTTCTTTGAGAGGAATGGATTAGAAAGAAGCTCATTTTGCCTCAACGTAGAAATTGAT GCTACTATAGAGCTTGTGAAGTGGAATTGTAACTCGGACCTTCTAGCTGCTGTGGTCAGA GGGGAAAAGTATGACTCTCTGAAGATCTGGTTCTTAAGTAACAACCACTGGTACTTAAAA CAAGAAATCAGATACATGAAGGATGACAGAGTCAGATTCATGTGGGATCCGATAAAGCCT CTACAGTTGGTTACTTGGACTACAAGTGGGCATATCACGGGCTATAACTTTGTATGGAAT ACAGCTGTCATGAATAACTCAGTGGCACTTGTAATTGATGACTCCAAGATACTAATAACC CCTCTTTCTTTATCTCTCATCCCACCACCTATGTACCTCTTTTGTTTGAATTTTCCCTCT GCCATTCAGAGTATGGCATTTTGCTCTAGAAGTTCTTTGAATCACCTGGCTGCATCCTTG TCAGATGGCAGATTGTGTGTTGTAGAGCTTCCTGCAATTGATTGTTGGGAGGAGCTAGAA GGTAAAGAGTTTGATGTTGATGCTGCCTCTTTTGATTCAGGCTATAATTCTTTCATTCAC CTTGCATGGTTGGATTCACACAAGCTTCTTGGTGTTAGCCATTATCTAGTTAGCAACTCA GCAATAAAAGAGTCCTCTAAGGATAAGCTTTCTATGTATTGCCTCCAAGAAATTGATCTT ATGTGTTCTGAAGATCGTCTTCCTAATTCAGTGACATGCTCTGGTTGGCAAGCTAAAGGT TTGAATAGATTGTCTCTTGAAGGTACCGTAATTGGTATAGCTCCTAACCAGGGAAATGGC TGCTCAGCATATGTTCAGTTTGATGGCGGGGAAGTGTTTGAGTATGCGTTGAAGTTGGCT GATGCCAGAGGGCTTCATCAGAAACGTGAGGATATGAGTTTTTCTTCATCTTGCCCCTGG ATGGATCTTGTGCAAATTGGAGGCTGCTTACCTCAAAAGGCTTTGCTTTTTGGTCTTGAT GACAGTGGTAGATTGCTTGTTGGTGAAAGGACATTGTGCAACAATTGCAGCAGTTTTTCT TTCTACTCGAATTCTGCTGACCACTCTGTCACCCATTTGATTCTTTCAACTAAGCAGGAT TTGCTGTTTATTGTCGATATTAGTGATATCCTGAAAGGAGAACTGGAGGTTAAGTATGGG AACTTCCTGGCAGTTTTCAAGCACAGAAAAGGAGAAGATGAGAGAAACTATATTCAAATA TGGGAAAGAGGTGCCAGAATCATAGGTGTTTTGCATGGGGACGAGTCTGCTATCATACTT CAAACAGTTCGAGGGAATCTTGAGTGCGTCTACCCCAGAAAATTGGTTCTAGCCTCAATA ATTAATGCTTTGATTCAAGGGCGTTACAAAGATGCATTACTCATGGTAAGAAGGCAAAGA ATTGATTTCAATGTTATTATTGACCATTGTGGTTGGCAAAACTTTGTTCAGTCAGCTGCT GAGTTTGTGAAGCAAGTGAACAATTTAAGTTATATAACTGAATTTGTCTGTTCAATAAAG AATGAAAATATCATGAAGACACTGTACAAAAACTATATATCCCTACCTCATGACATTGAG GCTAAAGCTGTAGATGGAGACCTTAAGAGTTCTCATAGCAATAGCAAGATCCACTCTGTC TTGCTGGCCATAAGGAAGGCTCTTGAGGAGCATGTAACTGAAAGTCCTGCAAGGGAACTT TGCATTCTGACCACTTTAGCTCGAAGTGACCCTCCAGCTCTTGAACAAGCTTTAGAGAGA ATAAAAATAATCCGAGAAAGGGAATTATCAGGTTCAGGTGAACTGAGAAGGGAACTCTAC CCTTCTGCCGAGGAAGCTTTAAAACATCTTTTGTGGTTGTCTGATACAGAGGCAGTTTTT GAAGCTGCATTAGGTCTTTATGATTTGAACCTTGCAGCTATCGTCGCCTTGAATTCACAA AAGGACCCGAAAGAATTTCTTCCCTATCTGCAAGAACTCGAGAACATGCCAATAGTATTA ATGCGATACAATATAGACCTGAAATTGCAGAGGTTTGAGGCTGCGCTTCAGCACATTGTT TCTGCAGGAGATGCTTACTTTGAAGATTCTATGATTCTCATGAAGAAAAATCCCCAGCTT TTCCCCTCGGGACTCCAATTGATCACTGACTCTGTCAAGAGAAACCAGGTACTTGAGGCC TGGGGAGATCATTTTAGTTCCACAAAATGCTTTGAGGATGCTGCTGCAACATATATGTGC TGTTCTTGTTTGGATAAAGCTTTGAAGGCTTATCGTGAGTGTGGTAATTGGGGTGGGGTT CTGACAGTAGCTGGTCTCATTAAACTAGGGAAGGAGGAAGTCTTGCAACTAGCACAGGAG CTTTGTGATGAACTCCAAGCACTTGGTAAACCAGGGGATGCTGCAAAAATAGCTTTGGAG TATTGCGCAGATGTTAACGCTGGTATTAATTTCTTGGTCAGTGCAAGGGAATGGGAAGAA GCTTTGAGAACTGCATTTCTTTACAGGAGAGACGATCTGGTCCTTGAAGTAAAGACTGCA TCACTTGAGTGTGCCAGCTCACTGGTTAGTGAATATGAGGAAGGGCTAGAGAAAGTGGGG AAGTACTTGACTCGATATTTAGGTGTTCGACAACGGAGATTATTACTTGCTGCAAAGCTA CAGTCAGATGAGCGATCAATAAATGAACTTGATGATGATACTGCTTCTGAAACTAGTAGC AATTTCAGTGGAATGAGTGCATATACATTGGGGACAAGAAAGGGATCAGCTGCATCAATA AACTCCAGAGCTAGTACAAAAGCAAGAGACATGAGACGTCAACGGAATAGAGGGAAAATA CGTGCTGGAAGTCCCGGTGAGGAGATGGGTTTGGTAGAGCATTTAAAGGGGATGTCACTG ACTAGTGGAGCTAAACGTGAGCTTAAATCTCTCTTGATATGCCTTGTGATGCTGCAAAAG GAAGATATTGCCAGGAAGTTGCAACATGTTGCTACAAATTTTCAACTGTCCCAAATGGCA GCTGTAAAATTAGCTGATGAGGCCATATCAGATGATATAGTTAATGAGCATTTCTATGTT CTGGATAATTACATTCCCAAAATAAAGGAAGATATGCAGCATTCAGAGCTTTTCTCCTGG CAGTCGAAAGTATTGATTTGAAAAGCAAAGGCATGTCGTTGATAATCTGAAATGTCATCC TATCGACTGATGTGGTTGGAAGCGCTACTGAACATACGAGATGGCAGAAGTCAATATTTG TTCTAGTTCTCATCATCACAAGAGGAGTTCCGATTTCTTGACTAGTAGTATCCCGACGGG ATGGTTTTCTTACATTAACATTTGTAGGTTTCAACTCATTTTAGTTATGTAATCTTCTGT ACTTTGCATATTTCTGCAGAATCACGAATCTTTTTTACAATTGCAAATGGTTATTGCCTT TTTGGTTTTCAATATATGGAATGCAGGTGATTTTTTTGGTCTGTTTTGGAAATGAGGCCA ATTATCAATCAGTTTATCGCTGTGAGCCCAACTTATTTAAGTAGTTTGCAAGGCATTTCC ATATATATATATATATATATATATATATATATGAAACCTTTTGAATGCTCGT